Buka mikro pumpe može se uglavnom podijeliti u tri dijela: hidrodinamička buka, mehanička buka od pokretnih dijelova i buka motora.
Hidrodinamički šum nastaje kada mikrocrpka radi, kontinuirano proizvodeći impulse tlaka u tekućini, što pobuđuje vibracije u komponentama kao što su tijelo pumpe, ventili i cijevi, emitirajući buku prema van. Prema mjerenjima istraživača iz Chengdu Qihai Electromechanical Company, hidrodinamička buka je najznačajniji izvor buke u mikro pumpama.
Hidrodinamički šum mikro pumpe je šum srednje-do-niske frekvencije. Kada mikrovakuum pumpa uvuče zrak, ulazni ventil se otvara, a izlazni ventil zatvara, uvlačeći zrak u komoru pumpe. To stvara intenzivne fluktuacije tlaka u ulaznim i ventilskim komorama, koje zrače prema van kao zvučni valovi, stvarajući ulaznu buku. Ulazni šum ima širokopojasni kontinuirani spektar, a njegova osnovna frekvencija može se izračunati pomoću formule f=2n/60 (gdje je n brzina vrtnje u minuti). Uz osnovnu frekvenciju, postoje i visoko{8}}frekventni harmonici, ali je razina zvuka tih harmonika niža od one osnovne frekvencije.
Što je veća brzina vrtnje, to je veći vakuum, a što je veća brzina protoka, to je veća ulazna buka. Tijekom ispuha, ulazni ventil se zatvara, a izlazni ventil se otvara, uzrokujući širenje zraka. Protok zraka brzo prolazi kroz izlaz, generirajući zvučne valove i stvarajući buku ispušnih plinova. Buka ispušnih plinova također pokazuje širokopojasni kontinuirani spektar. Veća brzina vrtnje, tlak i brzina protoka rezultiraju glasnijom bukom ispuha. Spajanje dugačke plastične cijevi smanjuje buku i na ulazu i na izlazu. Uzroci buke u minijaturnim vakuumskim pumpama za vodu su složeni.
Zbog povremenih fluktuacija tlaka unutar komore pumpe, nestabilan protok vode stvara brojne vrtloge. Brze promjene tlaka na dijafragmi, komori pumpe i ventilima, kao i trenje između vode i tijela pumpe, stvaraju buku. Osobito kada je temperatura vode visoka, a vakuum pumpe nizak, tlak unutar komore pumpe tijekom usisnog takta može biti niži od tlaka zasićene pare vode na toj temperaturi. To uzrokuje isparavanje vode, stvaranje brojnih mjehurića i formiranje složenog dvo-faznog toka. Tijekom takta kompresije, pod višim tlakom, ti se mjehurići brzo kolabiraju, uzrokujući da voda oko mjehurića juri prema središtu mjehurića velikom brzinom, što rezultira visoko-frekventnim,-vodenim čekićem koji kontinuirano utječe na unutarnje komponente pumpe.